On ignorait encore il y a quelques années que notre intestin était colonisé naturellement par des milliards de bactéries qui constituent notamment la flore intestinale. Aujourd’hui on sait que cette flore est essentielle pour le fonctionnement normal de notre système digestif. Plus encore, les scientifiques s’accordent à dire que le microbiote intestinal est impliqué dans de multiples fonctions en lien avec le bien-être physique et mental : notre deuxième cerveau.

Mais alors quel est donc le rôle de ces bactéries ? Le dérèglement du microbiote intestinal ou dysbiose a-t-il des conséquences ? Comment l’éviter pour rester ou pour retrouver la forme physique et mentale ?

Le microbiote intestinal c’est quoi ?

Le microbiote intestinal est constitué d’une multitude de souches bactériennes qui tapissent notre système digestif. L’essentiel de ces bactéries se trouve sur les parois de l’intestin. Cette population d’organismes vivants s’élève à plus de 100 000 milliards, plus que d’êtres humains sur terre !

Le microbiote se constitue dès la naissance. Ainsi la flore vaginale et le lait maternel apportent la flore intestinale initiale d’un individu. Elle se développe au fil des années et acquière les particularités uniques à chaque individu en fonction du mode de vie et des spécificités métaboliques.

« Le régime alimentaire façonne le microbiote intestinal »

Ces bactéries constituent une barrière de protection aux infections mais aussi au surmenage du système immunitaire interne. Physiologiquement, le tube digestif est une paroi externe au même titre que notre peau. De ce fait, l’état de cette paroi et la flore intestinale qui s’y trouve assurent la première barrière immunitaire. Elle est aussi primordiale pour l’assimilation des aliments et la bonne digestion. Ces bactéries sont également impliquées dans la synthèse de certaines vitamines dites essentielles mais aussi secondaires dont la vitamine B12 (sujet suscitant encore des controverses scientifiques).

La dysbiose intestinale c’est quoi ?

Photo de l'inserme prensantant le tube digestif avec des marqueurs chimiques pour mettre en évidence le positionnement de la flore intestinale.
Microbiote (marquage rouge ) et intestin (marquage vert). Mise en évidence du positionnement de la flore intestinale à distance de la surface épithéliale du fait de la présence de mucus et des molécules antimicrobiennes à qui il sert de matrice. (inserm)

La dysbiose intestinale est un dérèglement du microbiote intestinal. C’est donc une modification de la composition de la flore intestinale.

En effet les bactéries qui colonisent notre intestin mènent une guerre perpétuelle. Les « bonnes » bactéries veillent à détruire les « mauvaises ».

Les biologistes divisent ces bactéries en 3 groupes distincts et y associent les proportions biologiques normales : (c1)

  • La flore dominante saprophyte (90%). « Les bonnes ».
  • La flore sous dominante pathogène (9%). « Les moyennes ».
  • La flore fluctuante (1%). « Les mauvaises ! ».

Ces chiffres concernent donc une flore intestinale équilibrée, celle nécessaire pour assurer les fonctions biologiques optimales du système digestif et ce qui en découle.

Cet équilibre est aussi appelé eubiose.

Le microbiote intestinal en quelques chiffres : (s1)

  • plus de 160 espèces bactériennes différentes.
  • un socle commun de 15 à 20 espèces, mais chacune possèderait sa propre identité microbienne comme une empreinte digitale ou iridienne.
  • Un total de 100 000 milliards de bactéries, soit 2 à 10 fois plus que les cellules qui composent notre corps !
  • L’équivalent de 2 kg en micro-organismes !
Illustration d'une bactérie
Illustration de bactéries colonisant notre système digestif et contribuant à son bon fonctionnement.

Conséquences de la dysbiose du microbiote intestinal.

La dysbiose intestinale induit de multiples conséquences qui forment petit à petit un cercle vicieux difficile à rompre.

En effet, la flore intestinale déséquilibrée nuit à la santé en entravant insidieusement le bon fonctionnement de multiples fonctions.

Les fonctions digestives sont perturbées, ce qui nuit à l’assimilation des aliments et par ricochet provoquent déminéralisation et carence. Les parois de l’intestin sont par ailleurs irritées et s’accompagne souvent de divers troubles accessoires (mauvaise haleine, acné, reflux gastriques etc).

Une dysbiose intestinale durable crée le syndrome appelé hyperperméabilité intestinale : le « leacky gut syndrom ». C’est une altération de la paroi intestinale. Devenue passoire, elle ne remplit plus son rôle de filtre et autorise même l’introduction de macronutriments trop gros pour être assimilés. Pire encore, l’invasion par des organismes pathogènes est accentuée. Ces intrusions sont interprétées par le corps comme étant des attaques, cela crée un surmenage du système immunitaire mais aussi une hyper inflammation sourde et répétitive.

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À terme le système immunitaire épuise les capacités de défense du sujet, lesquelles déréglées durablement peuvent déclencher certaines maladies auto-immunes. On observe en corrélation une grande fatigue physique et psychique.

La dybiose intestinale à pour conséquence l'intrusion de bactéries et virus pathogènes
La dysbiose intestinale à pour conséquence l’intrusion de bactéries et virus pathogènes

Origine des troubles.

L’origine de ces troubles est multifactorielle. On retrouve bien sûr en premier lieu l’alimentation pauvre en fibres ou inadaptée à la flore intestinale (consommation de lait, etc.). Les changements d’habitudes de vie qui sont sources de stress et parfois de traumatismes peuvent influencer également l’équilibre du microbiote intestinal.

« Notre intestin est notre deuxième cerveau »

Certains médicaments pris trop longtemps ou mal utilisés peuvent aussi l’endommager (antibiotiques, anti-inflammatoires), toutefois bien maîtrisés ils restent bénéfiques.

Des troubles physiques et psychologiques.

La liste des troubles semble évoluer d’année en année surtout depuis le consensus scientifique récent sur la composition de neurones dans notre système digestif. Ceux-ci nous influenceraient et contribueraient de fait à notre bien-être psychique.

Ainsi nos intestins seraient constitués d’autant de neurones qu’on retrouve dans le cortex d’un chat… J’en profite pour vous rappeler que même les chats ne devraient pas consommer quotidiennement le lait de vache !

Mais revenons à nos bactéries !

D’autres signes physiques peuvent être annonciateurs de ce dérèglement : (s1, 2)(e2, 3, 5, 6)

  • troubles digestifs.
  • douleurs abdominale.
  • défaillance du système immunitaire.
  • fatigue excessive.
  • diabète de type 2.
  • anxiété, surmenage, non résistance au stress et même pathologie psychiatrique grave.
  • maladie de Crohn.
  • obésité.
  • maladie cardiovasculaire.
  • maladie inflammatoire chronique.
  • cancer colorectal.
Maux de ventres du au déqiquilibe de la flore intestinale.
La dysbiose intestinale est source de nombreux troubles physiques et psychiques.

Conseils et astuces

Notre microbiote est le reflet de notre hygiène de vie. L’équilibre alimentaire et émotionnel constitue donc le principal facteur fluctuant de la flore intestinale.

Toutefois la prise de certains médicaments peut aussi l’altérer. Cela dit, le bénéfice de ces médicaments est bien souvent supérieur au dérèglement temporaire occasionné. Il convient alors de respecter une hygiène alimentaire et d’éviter le surmenage.

Des conseils d’hygiène de vie, des plantes ou complémentaires alimentaires recommandés par un naturopathe permettent de rééquilibrer le microbiote intestinal et d’apaiser les troubles qui en découlent.

L’alimentation

Une alimentation trop sucrée favorise la prolifération de flore pathogène et plus particulièrement les sucres rapides. Le fructose qui est le sucre du fruit est plus facile à être métabolisé par notre microbiote et il participe même à son renforcement.

Une alimentation riche en fibres est  un facteur déterminant dans la bonne constitution de la flore intestinale Nous retrouvons dans ce groupe les fibres solubles et celles insolubles mais elles sont toutes deux importantes. Ces fibres se retrouvent essentiellement dans les végétaux : légumes verts, céréales complètes, légumineuses.

Je recommande aussi de limiter la consommation de graisses saturées, plus particulièrement celles d’origine animale et végétale avec en tête l’huile de palme industrielle.

A noter que les aliments fermentés (kéfir, komboucha, choucroute, miso) représentent un bon apport en micro-organismes pour renforcer la flore innée de l’organisme.

Je rappelle que la clef d’une flore intestinale en eubiose est relativement simple : privilégier les aliments d’origine végétale source de prébiotiques et de fibres.

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Stress et anxiété.

Nos émotions et notre stress jouent aussi un rôle déterminant dans l’équilibre de ce microbiote intestinal.

Ainsi un changement d’habitude, un voyage, une période de stress ou un effort sportif excessif peuvent altérer la flore intestinale.

Les traumatismes émotionnels peuvent aussi être la cause d’un dérèglement du microbiote intestinal.

Naturopathie et l’hypnose pour réguler le microbiote intestinal.

Les compléments alimentaires et de phytonutrition peuvent contribuer à une bonne flore intestinale et aux microbiote intestinal pour entraver la dysbiose
Certains compléments alimentaires contribuent à l’entretien de la flore intestinale et ainsi entrave la dysbiose.

La naturopathie et l’hypnose sont deux outils essentiels mais aussi complémentaires pour réguler le microbiote intestinal. La naturopathie permet d’adopter une alimentation en accord avec son microbiote. Ce sont des conseils avisés pour utiliser certaines plantes médicinales et des compléments alimentaires, lesquels optimisent le retour à cet équilibre microbien.

L’hypnose quant à elle permet de réduire les symptômes fonctionnels (douleur, angoisse etc) mais également de travailler sur la cause émotionnelle. Les séances d’hypnose que je propose incluent aussi un travail sur le stress et le lâcher-prise. Ces séances seront d’une grande aide dans vos périodes de changements en stimulant votre esprit inconscient source de créativité et ce pour surmonter cette épreuve et en sortir transformé.

La diminution puis la disparition de la souffrance physique et psychique permettront alors de rompre plus facilement le cercle vicieux de l’inflammation.

Vous retrouvez enfin le bien-être dans la tête et dans le ventre (rempli de petites bêtes-amies !).

Sources :

Cours :

  • (c1) Cours de l’Institut Française des Sciences Humaines (IFSH).

Site :

Etude :

Livre :

  • (l1) Le charme discret de l’intestin.

Thomas Hartmann

Praticien naturopathe et en hypnose Ericksonienne à Strasbourg. Vous accompagne dans vos changements et objectifs de vie. 07 89 82 62 00

2 Comments

Fred · 11 juin 2019 à 12 h 55 min

Belle reconversion 👍

    Thomas Hartmann · 11 juin 2019 à 13 h 03 min

    Haha ! Salut Fred ! Merci ! En espérant que tu es toujours la forme, sinon tu sais ou venir ! :p

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